Chùa Cổ Nông ngoài thờ Phật, còn thờ Đức Thánh tổ, thiền sư Bùi Huệ Tộ (1566-1641) một vị chân tu đã suốt đời vì đạo pháp dân tộc, vì cuộc sống bình yên, no ấm của nhân dân. Căn cứ vào cuốn Kệ hiện lưu giữ tại chùa Cổ Gia, xã Nam Hùng, sách Từ điển Phật học và đặc biệt là tác phẩm Thánh tổ thực lục do Đốc học trấn Sơn Nam Đoàn Khiết Phủ soạn vào niên hiệu Minh Mệnh thứ nhất (1820) lưu giữ tại Đền Am thì Thiền sư Bùi Huệ Tộ sinh ngày 10 tháng Giêng năm 1566, đời vua Lê Anh Tông, tại thôn Tô, xã Chân Đàm, nay là thôn Nhất, thị trấn Nam Giang, huyện Nam Trực, tỉnh Nam Định.

          Ông sinh ra trong một gia đình nề nếp, giàu truyền thống hiếu học. Thân phụ ông là Bùi Nhất Lang, hiệu là Phúc An và thân mẫu là Nguyễn Nhất Nương, hiệu là Thục Tiết. Được cha mẹ nuôi dạy và cho ăn học tới tuổi trưởng thành, Bùi Huệ Tộ đã hai lần lập gia đình nhưng cả hai bà vợ đều qua đời sớm do lâm bệnh hiểm nghèo. Trước xã hội rối ren bởi sự tranh giành quyền lực của các tập đoàn phong kiến, thấy cuộc đời nhiều nỗi éo le, trắc trở, năm 32 tuổi, Bùi Huệ Tộ đã chọn con đường xuất gia tu hành. Qua nhiều năm tu hành, ông đã giác ngộ và tìm thấy chân lý của đạo Phật là cứu nhân độ thế.
          Nguồn tư liệu lịch sử cùng truyền thuyết lưu truyền trong dân gian còn cho biết, trong quá trình tu hành, tìm hiểu và giác ngộ đạo Phật, Thiền sư Bùi Huệ Tộ kế thừa và phát triển tác phẩm  Khóa hư lục của Vua Trần Thái Tông (1218 - 1276) thành  Kế hư lục. Đây là bộ sách khá đồ sộ, gồm 40 chương, nội dung sách nhằm tuyên truyền những tư tưởng tích cực của đạo Phật về độc lập, thống nhất, sắc thái riêng của Phật giáo Thiền Tông Việt Nam. Tiếp thu những tư tưởng tiến bộ đó, Thiền sư Bùi Huệ Tộ đã hướng con người tu hành và truyền đạo của mình theo con đường dân tộc gắn với đạo pháp.

          Cùng với việc truyền đạo, Thiền sư Bùi Huệ Tộ còn có công xây dựng và trụ trì 18 ngôi chùa thuộc khu vực huyện Nam Trực như chùa Tiên Độ (Đồng Côi, Nam Giang), chùa Sùng Đức (Bái Trạch, Nghĩa An), chùa Hinh Lan (Thanh Khê, Nam Cường), chùa Già Độ (Cổ Ra, Nam Hùng), chùa Thiên Bảo (Thọ Tung, Nam Hùng), chùa Thùy Hồng (thôn Đầm, Nam Dương)… và xa hơn nữa là chùa Đông Hồ, Non Nước (thành phố Ninh Bình, tỉnh Ninh Bình). Ở những nơi này, Thiền sư đã giành nhiều tâm huyết để vận động nhân dân địa phương và thập phương tín đạo sửa sang cảnh chùa; bỏ tiền để mua ruộng, chuộc nhà và đồ đạc cho dân nghèo đã bán trước đó, giúp họ làm ăn, sinh sống. Tại Đền Am còn nhiều câu đối khẳng định công lao của ông, lòng biết ơn của nhân dân trong vùng đối với một nhà sư suốt đời vì đạo, vì dân.

"Thần thông quýnh xuất tam thiên giới

Linh sảng nhưng truyền thập bát am"

          Nghĩa là: "Thần thánh hơn cả các vị trong ba ngàn thế giới, sự linh thiêng của ngài còn truyền lại ở mười tám am".

"Lê triều tam bách tài chí kim đán Việt Phương lưu Tô trừ Bắc,

Cổ Xát thập bát hương phụng sự từ vân phổ biếu cõi giang Nam"

          Nghĩa là: 

          “ Ba trăm năm trước thời Lê, cho đến nay, đức thánh che chở, tiếng thơm để lại thấm nhuần sông Tô nơi đất Bắc.

          Xây dựng 18 ngôi chùa cổ, dân làng phụng thờ thần mây lành phủ khắp, cỏ cây tươi tốt nhờ được nước bể Nam”.

          Ngày 10 tháng giêng năm Tân Tỵ (1641), niên hiệu Dương Hòa, đời vua Lê Thần Tông, khi ông đã 76 tuổi, ngài cho xếp củi đầu làng Cổ Tung rồi tự thiêu trước sự chứng kiến của người dân địa phương đối với một vị chân tu. Chỗ Thiền sư tự thiêu, tục gọi là gò Thánh hóa.
          Thiền sư Bùi Huệ Tộ được Phật giáo suy tôn là Bồ tát, Đạo giáo suy tôn là Thánh tổ và những nơi ngài đến trụ trì đều được nhân dân tôn làm phúc thần. Tập Kệ chép lại thân thế, sự nghiệp của Thiền sư, trong đó có đoạn viết:
"Uy đức cao siêu pháp giới tôn
Viên dong phổ chiếu mãn càn khôn
Chứng minh công đức chuân cần ý
Già độ nghiêm nghiêm vạn cổ tồn"
Nghĩa là:

“Uy đức hơn cả các vị tôn kính trong hàng ngũ các sư

Ngài trở thành con người tròn trặn nhất trong khoảng trời đất

Công đức thể hiện rõ rệt ra ở việc cần, kiệm thường ngày

Nơi cảnh chùa trang nghiêm tiếng tăm còn mãi”

          Sau khi Thiền sư hóa đàn tại Cổ Tung, để ghi nhớ công đức, ở những nơi người đến trụ trì được nhân dân tôn thờ làm Phúc thần. Hiện nay tại chùa Cổ Nông còn treo bức đại tự đề 3 chữ Hán có nội dung: “Phật nhi thần” (vừa là Phật vừa là thần). Nhân dân làng Cổ Nông quen gọi người là Đức thánh tu, Đức thánh hóa. Đã từ lâu, ở chùa Cổ Nông và những ngôi chùa Thiền sư trụ trì, nhân dân đều tạc tượng để phụng thờ rất trang nghiêm. Chùa Cổ Nông đúc tượng đức Thiền sư bằng đồng ngồi trên bệ cao cùng bài vị khắc dòng chữ Hán có nội dung “Đại thánh linh ứng kiêm hòa thượng Thiền sư tỷ khưu tăng tự Huệ tộ, đặc tặng anh uy hiển liệt đại Bồ tát”. Tại di tích còn lưu gữa được 4 đạo sắc phong có niên hiệu từ năm Cảnh Hưng thứ nhất (1740) đến năm Khải Định thứ 9 (1924) với nội dung ca ngợi công lao của Thiền sư đối với quê hương, đất nước.
          Sắc phong ngày 26 tháng 7 năm 1783 niên hiệu Cảnh Hưng 44 có ghi:
Phiên âm:
          “ Sắc đại thánh linh ứng kiêm hòa thượng thiền sư tỷ khưu tăng tự Huệ Tộ đặc tặng anh uy hiển liệt đại bồ tát sơn nhạc chư anh hải hà phiên dị. Huân cao thê bẩm nhị khí chi lương năng chính trực thông minh dư bách thần tây tịnh liệt khắc tưởng ký chương huyền huống vinh bao hà đoạn di chương vi tự vương tiến phong.
          Vương vị lâm cư chính phủ lễ hữu đăng trật ứng gia phong mỹ tự khả gia phong đại thánh linh ứng kiêm hòa thượng thiền sư tỷ khiêu tăng tự Huệ Tộ đặc tặng anh uy hiển liệt từ quang phổ trạm trừng thông đại bồ tát cổ sắc. 
          Ngày 26 tháng 7 năm 1783 niên hiệu Cảnh Hưng 44 
          Dịch nghĩa:
          “ Sắc đại thánh linh thiêng kiêm hòa thượng tỷ khưu thầy có tên chữ là Huệ Tộ nay đặc biệt phong tặng uy linh lẫm liệt đại bồ tát tên tuổi sánh cùng non cao biển rộng, chí khí khác lạ, tinh thần trong sáng, lời nói khoan thai, tấm lòng hướng thiện, bản tính thông minh ngay thẳng, kết giao cùng trăm thần, một lòng hướng về Tây phương, mọi việc đã qua nay thấy sự nghiệp của thầy sánh rõ có thể khen tặng một cách vẻ vang.
          Nay trẫm được lên ngôi, làm việc ở nơi chính phủ làm lễ long trọng, tặng thưởng phẩm trật thấy sự linh thiêng của thánh mà ban cho chữ đẹp. Nay phong thêm là đại thánh linh ứng kiêm hòa thượng tỷ khưu thầy có tên chữ là Huệ Tộ đặc biệt phong tặng uy linh lẫm liệt ánh sáng chiếu xuống khắp muôn dân, ngài là vị bồ tát của muôn dân. Nay ban sắc”.
          Ngày 26 tháng 7 năm 1783 niên hiệu Cảnh Hưng 44 
          Chùa Cổ Nông được xây dựng từ thời Lê Sơ (1428 - 1527). Trong quá trình tu hành, Thiền sư Bùi Huệ Tộ đã về trụ trì tại chùa một thời gian. Ngoài việc tuyên truyền và giác ngộ đạo Phật, ông đã phát tâm kêu gọi nhân dân hưng công tu sửa, mở mang xây dựng thêm cảnh chùa khang trang, to đẹp. Tương truyền, ngôi chùa gồm 5 gian tiền đường, tam bảo, nhà tổ, gác chuông, tăng phòng. Toàn bộ công trình được dựng bằng chất liệu gỗ lim, mái lợp ngói nam, nền lát gạch đỏ theo phong cách kiến trúc truyền thống. Song do thời gian tồn tại lâu dài và tác động của thiên nhiên nên công trình chùa cũ đã bị hư hại. Trong khuôn viên của chùa chỉ tìm thấy một tấm bia (kích thước cao 1,80m; rộng 0,80m), tuy chữ đã mờ hết nhưng qua hình dáng kích thước, hoạ tiết hoa văn trang trí, có thể đoán định bia có niên đại thời Lê Trung Hưng (1533 - 1788). 
          Chùa Cổ Nông được xây dựng trên một khu đất rộng hơn 5.000m2, nằm sát khu dân cư và tỉnh lộ 487B, thuận tiện cho việc đi lại tham quan nghiên cứu di tích.
          Chùa được làm theo kiểu chữ “đinh”. Tiền đường gồm 5 gian, ba gian giữa lắp dựng hệ thống cửa gỗ bức bàn chắc chắn, hai gian bên xây tường kín, trổ cửa thông gió kiểu chữ phúc, nhằm tạo sự thông thoáng và mở rộng không gian thờ Phật. Mái của toà tiền đường là bộ mái phẳng, lợp ngói nam, trên nóc xây đại bờ đắp lưỡng long chầu nguyệt, chính giữa đắp nổi ba chữ Hán có nội dung: “Thiên Trúc tự”(chùa Thiên Trúc). Hai cột đồng trụ góc phía ngoài tiền đường, trên đỉnh đắp hoa sen, phía dưới nhấn nổi câu đối bằng chữ Hán với nội dung ca ngợi cảnh đẹp của ngôi chùa. Nâng đỡ toàn bộ hệ thống mái của toà tiền đường là 4 bộ vì kết cấu kiểu: Trốn cột, ván mê. Kết hợp với các vì kèo để nâng đỡ ngói lợp ở bên trên là bộ hoành vuông mang phong cách thời Nguyễn. 

          Toà tam bảo gồm ba gian xây dọc làm giao mái bắt vần với tiền đường. Hai bộ vì kết cấu kiểu: trốn cột, ván mê tương tự như tiền đường. bộ phận chịu lực chính là bốn cột cái, đặt trên các chân tảng đá cổ bồng. Chính giữa tam bảo bài trí 6 lớp tượng phật với 19 pho tượng. Tất cả các pho tượng đều làm bằng chất liệu gỗ và được sơn son thếp vàng lộng lẫy. Cách một khoảng sân nhỏ liền kề phía sau tam bảo là nhà tổ và phủ mẫu. Nhà tổ gồm 5 gian, phủ mẫu gồm 3 gian. Nhà tổ và phủ mẫu là những công trình mới được phục dựng, kết cấu đơn giản theo kiểu tường hồi bít đốc, vì kèo quá giang, mái lợp ngói nam, nền lát gạch đỏ. Có thể nhận thấy, chùa Cổ Nông hiện nay bao gồm nhiều hạng mục kiến trúc, vừa có yếu tố cổ, vừa có yếu tố tân đan xen, kết hợp hài hoà và bổ sung cho nhau tạo thành một tổng thể kiến trúc quy mô và mang phong cách kiến trúc cổ truyền dân tộc.
          Hàng năm, dân làng  Cổ Nông mở hội lớn trong 3 ngày: Mồng 9, 10, 11 tháng giêng. Ngoài ra, vào các ngày sóc (mồng một)  và vọng (15 âm lịch) hàng tháng nhà chùa cho mở cửa đón nhân dân địa phương và khách thập phương đến hành lễ.
          Trong những ngày diễn ra lễ hội, ngoài các nghi thức tế lễ còn có nhiều sinh hoạt văn hoá, trò chơi dân gian đặc sắc như: đấu vật, đánh tổ tôm điếm, cờ người, đu quay, chọi gà, kéo co, leo cầu phao, chạy việt dã... Đu quay là trò chơi thu hút nhiều thanh niên tham gia, trước ngày mở hội, ban tổ chức cho trồng sẵn cây đu để các đôi nam, nữ thì tài. Giải thưởng cho đội đạt giải nhất thường chỉ là vài vuông lụa, những người được giải vẫn rất tự hào vì đã có dịp để thể hiện tài năng và lòng dũng cảm của mình. Chọi gà là trò chơi được nhiều người hưởng ứng, mê say. Những người chủ gà muốn có gà chọi dự thi thì phải lựa chọn, luyện tập rất dày công theo những thủ thuật nhất định. Chọn gà trước hết là chọn giống rồi mới đến tướng mạo theo quan điểm dân gian:

“Mình chông, mỏ quắp, cánh vỏ chai

Quản ngắn, đùi dài, chả sợ ai”.

          Chùa Cổ Nông ngoài thờ phật còn thờ Thiền sư Bùi Huệ Tộ (1566 - 1641). Ông là một vị chân tu đã tiếp thu và truyền bá trong nhân dân những tư tưởng Phật giáo tiến bộ về tính độc lập, tự chủ và nhân văn của Phật giáo Thiền Tông thời Trần. Trong thời gian trụ trì tại chùa Cổ Nông, cùng với việc truyền đạo, ông đã có công xây dựng, mở mang cảnh chùa, giúp nhân dân địa phương ổn định đời sống, góp phần làm thay đổi bộ mặt nông thôn. Việc thờ tự tại chùa Cổ Nông đã thể hiện tấm lòng ngưỡng mộ, sự biết ơn của nhân dân địa phương đối với công lao của Thiên sư Bùi Huệ Tộ. 

          Trong hai cuộc kháng chiến chống thực dân Pháp và đế quốc Mỹ xâm lược, chùa Cổ Nông là địa điểm diễn ra nhiều sự kiện lịch sử quan trọng góp phần vào thắng lợi chung của dân tộc. Chùa là nơi tổ chức các lớp học bình dân học vụ, hội họp của các tổ chức quần chúng thôn Cổ Nông, nơi nuôi dấu cán bộ, đào hầm và cất giữ tài liệu bí mật, nơi tiễn đưa con em địa phương lên đường nhập ngũ. Đặc biệt đầu năm 1947, tại ngôi chùa linh thiêng, chi bộ Đảng đầu tiên của thôn Cổ Nông được thành lập do đồng chí Phạm Văn Thanh làm Bí thư. 
 Với những giá trị tiêu biểu về Lịch sử - Văn hóa, chùa Cổ Nông được xếp hạng Di tích Lịch sử - Văn hóa cấp tỉnh năm 2005.